En 1.615 la Compañía de Jesús adquirió la jurisdicción y señorío de unas tierras conocidas como "Ballesteros y Gregorio" el día 20 de enero, de donde se cree que tiene su nacimiento el topónimo de la localidad, al ser este el día de San Sebastián y siendo su costumbre dedicarle y consagrarle al correspondiente Santo la buena nueva; sumándole a eso que este paraje es conocido como "Ballesteros" al parecer por mantener cierta relación con las huestes de los Reyes Católicos en la Conquista de Granada, en su especialidad de su cuerpo de ejército de ballesteros; da como resultado el nacimiento de San Sebastián de los Ballesteros.

Tras la expulsión de los jesuitas en 1768, se lleva a cabo el proyecto de repoblación de Sierra Morena por el Rey Carlos III, que aprovechando la hacienda de San Sebastián de los Ballesteros es objeto de dicho proyecto con la llegada de unos 390 colonos de Centroeuropa, principalmente Alemanes y Franceses, junto con personas de pueblos aledaños.

A los colonos se les entrego además de vivienda y algunos animales "una suerte" un terreno de unas veintiocho fanegas para su labor agrícola. Y es esta actividad agrícola la que han venido desarrollando nuestros vecinos hasta la actualidad, concretamente los cultivos de cereal (trigo y cebada) y el olivar, aunque también se desarrollaron otros como arvejones, el garbanzo, las habas, etc.

El diseño configuración del trazado urbano inicial de esta villa se debe a Simón Desnaux, uno de los colaboradores extranjeros de Pablo de Olavide Intendente de la Corona para las Nuevas Poblaciones, siendo 59 viviendas las primeras construidas, en su mayoría en el entorno de la hacienda jesuítica.

El municipio se emancipa y por tanto consigue su independencia administrativa en 1822, del municipio de La Carlota.